Материалы к защите диссертации: Маркин Александр Михайлович

Информация о диссертации

Кандидатская диссертация

Маркин Александр Михайлович

«Совершенствование идентификации возбудителей особо опасных микозов на основе молекулярно-генетических методов»

03.02.03 - Микробиология

медицинские науки

21.2.005.06

Волгоградский государственный медицинский университет

400131, Волгоград, пл.Павших Борцов, 1 ВолгГМУ

Предполагаемая дата защиты диссертации: 14 июня 2016 года

[Полный текст диссертации (3.3 Мбайт)] (Опубликован: 21 марта 2016 года)

[Автореферат диссертации (1.1 Мбайт)]

Дата публикации объявления 8 апреля 2016 года

Отзывы на диссертацию *

Научный руководитель

В.А. Антонов, заведующий отделом подготовки специалистов ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, д.м.н., профессор

Скачать отзыв (3.5 Мбайт)

Опубликован: 21 марта 2016 года

Официальный оппонент

Водопьянов С.О., заведующий лабораторией ФКУЗ Ростовский научно-исследовательский противочумный институт, д.м.н.

Скачать отзыв (2.4 Мбайт)

Опубликован: 3 июня 2016 года

Официальный оппонент

Попов Юрий Алексеевич, д.б.н., профессор ФКУЗ Российский научно-исследовательский противочумный институт Микроб, отдел образовательных программ и подготовки специалистов, заведующий отделом

Скачать отзыв (484 кбайт)

Опубликован: 3 июня 2016 года

Ведущая организация

Марков Евгений Юрьевич, заведующий биохимическим отделом ФКУЗ Иркутсткий научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, д.б.н.

Скачать отзыв (7.5 Мбайт)

Опубликован: 3 июня 2016 года

Отзыв на автореферат

Тимошин Валерий Борисович, заведующий бактериологической лабораторией, к.м.н.

Скачать отзыв (574 кбайт)

Опубликован: 3 июня 2016 года

Отзыв на автореферат

Попов Сергей Федорович, д.м.н., ГБОУ ВПО ВолгГМУ МЗ РФ, кафедра инфекционных болезней с эпидемиологией и тропической медициной, профессор

Скачать отзыв (416 кбайт)

Опубликован: 3 июня 2016 года

Отзыв на автореферат

Кириллов Виссарион Арчилович, генеральный директор ООО Компания Хеликон, к.м.н.

Скачать отзыв (552 кбайт)

Опубликован: 3 июня 2016 года

Решения диссертационного совета

ВЫПИСКА из протокола № 2 заседания Диссертационного совета Д 208.008.06 ГБОУ ВПО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения РФ от 7 апреля 2016 года 

Присутствовало: 18 членов Диссертационного Совета из 23, утвержденных ВАК РФ в составе Совета.

Слушали: заключение членов комиссии доктора медицинских наук профессора Замараева В.С., доктора медицинских наук профессора Яковлева А.Т., доктора медицинских наук, профессора Осадшую Л.Б. по рассмотрению диссертации Маркина Александра Михайловича на тему: «СОВЕРШЕНСТВОВАНИЕ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОСОБО ОПАСНЫХ МИКОЗОВ НА ОСНОВЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология (заключение прилагается).

Постановили:  

1. Принять к защите диссертацию Маркина Александра Михайловича на тему: «СОВЕРШЕНСТВОВАНИЕ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ ОСОБО ОПАСНЫХ МИКОЗОВ НА ОСНОВЕ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ», представленную на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология.

2. Утвердить в качестве официальных оппонентов:

- заведующего лабораторией биохимии микробов ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, доктора медицинских наук, с.н.с. Водопьянова Сергея Олеговича, г. Ростов-на-Дону.

- заведующего отделом образовательных программ и подготовки специалистов ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Роспотребнадзора, доктора биологических наук, профессора Попова Юрия Алексеевича, г. Саратов.

3. Утвердить в качестве ведущей организации ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора, г.Иркутск.

4. Разрешить печатание и рассылку автореферата диссертационной работы.

5. Утвердить дату защиты 14 июня 2016 года.

Председатель диссертационного совета д.м.н., профессор Клаучек С.В.
Ученый секретарь диссертационного совета д.с.н., профессор Ковалёва М.Д.

 

Протокол № 1 заседания диссертационного совета Д 208.008.06 от 14.06.2016

Состав диссертационного совета утвержден в количестве 23 человек. Присутствовали на заседании 18 человек.

Председатель: д.  Клаучек Сергей Всеволодович

Присутствовали: д.  Гавриков Леонид Константинович, д.  Губанова Екатерина Ивановна, д. Клаучек Валентина Васильевна, д. Крамарь Вера Сергеевна, д. Замараев Валерий Семенович, д. Давыденко Людмила Александровна, д. социол.наук, профессор Ковалева Марина Дмитриевна, д. Липницкий Анатолий Васильевич, д. Крамарь Олег Григорьевич, д. Осадшая Людмила Борисовна, д. Латышевская Наталья Ивановна, д. Попов Александр Сергеевич, д. мед.наук, профессор Макаров Вениамин Иванович, д. биол.наук, профессор Солопов Игорь Николаевич, д.  Храпова Наталья Петровна, д. Яковлев Анатолий Трофимович, д. Клаучек Сергей Всеволодович, д. Филатов Борис Николаевич

Официальные оппоненты по диссертации: д. мед.наук, Водопьянов Сергей Олегович, д.б.н., профессор Попов Юрий Алексеевич.

Ведущая организация: ФКУЗ Иркутский ордена Трудового Красного знамени научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока

Слушали: Председателя диссертационного совета Д 208.008.06 Клаучека С.В., председателя счетной комиссии Макарова В.Н.

Постановили: диссертация Маркина А.М. является законченной научно-квалификационной работой, что соответствует критериям, установленным п.9 «Положения о порядке присуждения ученых степеней...». Присудить Маркину А.М. ученую степень кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 Микробиология.

Результаты голосования: «за» - 18, «против» - 0, «недействительных» - 0.

Председатель совета Клаучек Сергей Всеволодович
Ученый секретарь совета Ковалева Марина Дмитриевна

 

ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 208.008.06 на базе государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России по диссертации на соискание ученой степени кандидата наук

аттестационное дело № ________

решение диссертационного совета от 14.06.2016 года № 1

О присуждении Маркину Александру Михайловичу, гражданину Российской Федерации, ученой степени кандидата медицинских наук.

Диссертация «Совершенствование идентификации возбудителей особо опасных микозов на основе молекулярно-генетических методов» по специальности 03.02.03 – Микробиология, принята к защите 07.04.2016 года, протокол № 2 диссертационным советом Д 208.008.06 на базе государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования (ГБОУ ВПО) «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России, 400131, г. Волгоград, пл. Павших борцов, 1, (Приказ № 1925-1358 от 9 сентября 2009 г., с изменениями состава совета от 22.10.2010 года, № 2472-984/591, действующий на период действия номенклатуры специальностей научных работников).

Соискатель Маркин Александр Михайлович, 1987 года рождения. В 2010 году окончил Волгоградский государственный медицинский университет по специальности «Медицинская биохимия». С 2011 по 2014 гг. Маркин А.М. обучался в очной аспирантуре по специальности 03.02.03 – «Микробиология» на базе Федерального казенного учреждения здравоохранения (ФКУЗ) «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора. С сентября 2011 года и по настоящее время работает в качестве научного сотрудника лаборатории особо опасных микозов в ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора.

Диссертация выполнена на базе ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора.

Научный руководитель: проф., д.м.н. Антонов Валерий Алексеевич, заведующий отделом подготовки специалистов ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора.

Официальные оппоненты: 1. Водопьянов Сергей Олегович – доктор медицинских наук, заведующей лабораторией биохимии микробов в ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора, г. Ростов-на-Дону;

2. Попов Юрий Алексеевич – доктор биологических наук, профессор, заведующий отделом образовательных программ и подготовки специалистов в ФКУЗ РосНИПЧИ «Микроб» Роспотребнадзора, г. Саратов - дали положительный отзыв на диссертацию.

Ведущая организация: ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Роспотребнадзора, г. Иркутск, в своем положительном заключении, подписанном Марковым Евгением Юрьевичем, д.б.н., заведующим биохимическим отделом и Шестопаловым Михаилом Юрьевичем, к.м.н., заведующим отделом микробиологии чумы, указала, что диссертационная работа Маркина А.М. является законченной научно-квалификационной работой, в которой на современном уровне решена актуальная научная задача - совершенствование идентификации возбудителей особо опасных микозов, что имеет существенное значение для микробиологии и соответствует требованиям п. 9 «Положение о порядке присуждения ученых степеней…..»

Соискатель имеет 10 работ по теме диссертации, опубликованных в рецензируемых научных изданиях – 4, и 1 монографию. Количество печатных листов в опубликованных работах по теме диссертации составило 9 п.л.

Наиболее значимые научные работы по теме диссертации:

1. Маркин, А.М. Разработка диагностического набора для индикации возбудителя бластомикоза с помощью ПЦР в режиме реального времени / А.М. Маркин, Г.А. Ткаченко, Н.В. Половец, С.С. Савченко, Т.Н. Шаров, В.А. Антонов, А.В. Топорков // Проблемы медицинской микологии. - 2015. - Т. 17, № 3. - С. 3-6.

2. Липницкий, А.В. Новое в таксономии возбудителей эндемических микозов (обзор) / А.В. Липницкий, В.А. Антонов, А.М. Маркин // Проблемы медицинской микологии. -2014. - Т. 16, № 4. - С. 3-7.

3. Маркин, А.М. Эпидемиология бластомикоза и паракокцидиоидомикоза / А.М. Маркин, М.А. Гришина, Е.Н. Кочубеева // Проблемы особо опасных инфекций. - 2014. - № 3, С. 34-37.

На диссертацию и автореферат поступили отзывы от: заведующего бактериологической лабораторией ФКУЗ «Северо-Западная Противочумная Станция» Роспотребнадзора, к.м.н. Тимошина В.Б.; проф. кафедры инфекционных болезней с эпидемиологией и тропической медициной ГБОУ ВПО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, д.м.н. Попова С.Ф.; генерального директора ООО «Компания Хеликон», к.м.н. Кириллова В.А.

Все отзывы положительные, подтверждают актуальность представленной работы, обоснованность полученных выводов, практическую и научно-теоретическую значимость результатов исследования. Критических замечаний в отзывах не содержится.

Выбор официальных оппонентов и ведущей организации обосновывается тем, что сотрудники указанных организаций являются высококвалифицированными специалистами в области микробиологии, имеют весомый личный опыт в изучении особо опасных инфекций, большое количество печатных работ по вопросам микробиологии, связанным с темой диссертации соискателя.

Заключение

Диссертационный совет отмечает, что на основании выполненных соискателем исследований:

Разработаны новые экспериментальные тест-системы для обнаружения ДНК возбудителя бластомикоза на основе праймеров, комплементарных последовательности гена α-1,3-glucan synthase, и для секвенирования гена 28S рРНК патогенных и условно-патогенных микромицетов.

Предложена методика сочетания реакции амплификации и последующего секвенирования фрагментов гена MBP-1 Coccidioides immitis и Coccidioides posadasii, участков гена CBP-1 Histoplasma capsulatum, а также фрагментов гена BYS-1 и гена α-1,3-glucan synthase Blastomyces dermatitidis для повышения качества идентификации возбудителей кокцидиоидомикоза, гистоплазмоза и бластомикоза.

Доказана перспективность использования фрагментов гена 28S рРНК и гена рибосомального белка L23 для эффективной идентификации возбудителей особо опасных микозов при использовании монолокусного секвенирования ДНК.

Введены дополнения схемы лабораторной диагностики особо опасных микозов этапом секвенирования ДНК.

Теоретическая значимость результатов исследования обоснована тем, что:

доказаны положения, расширяющие представления об использовании секвенирования ДНК для идентификации возбудителей особо опасных микозов;

применительно к проблематике диссертации результативно использованы молекулярно-генетические методы исследования, а именно ПЦР в режиме реального времени и монолокусное секвенирование ДНК для усовершенствования процедуры идентификации возбудителей особо опасных микозов;

изложены доказательства эффективности и результативности применения метода секвенирования ДНК для идентификации возбудителей особо опасных микозов;

раскрыты недостатки применения методов идентификации возбудителей особо опасных микозов, основанные на морфологическом исследовании культур;

изучены факторы, позволяющие оптимизировать схему лабораторной диагностики особо опасных микозов этапом секвенирования ДНК.

Значение полученных соискателем результатов исследования для практики подтверждается тем, что:

разработаны экспериментальные тест-системы для обнаружения ДНК возбудителя бластомикоза методом ПЦР в режиме реального времени и секвенирования ДНК возбудителей особо опасных микозов с целью их идентификации;

определены перспективы практического использования метода секвенирования ДНК для идентификации патогенных и условно-патогенных микромицетов, относящихся к микроорганизмам II-III групп патогенности;

создана методика быстрой идентификации возбудителей кокцидиоидомикоза, гистоплазмоза и бластомикоза с использованием сочетания реакции амплификации и секвенирования фрагмента гена MBP-1 C.immitis и C.posadasii, участков гена CBP-1 H.capsulatum, а также фрагментов гена BYS-1 и гена α-1,3-glucan synthase B.dermatitidis;

представлены методические указания «Лабораторная диагностика особо опасных микозов» и «Методические указания по порядку проведения лабораторной диагностики особо опасных микозов в лабораториях территориального, регионального и федерального уровней», подготовленные для утверждения в Роспотребнадзоре;

Оценка достоверности результатов исследования выявила:

результаты получены на сертифицированном оборудовании, показана воспроизводимость результатов исследования;

теория построена на известных фактах строения генома возбудителей особо опасных микозов, факторах их вирулентности, генодиагностике данных заболеваний и согласуется с опубликованными экспериментальными данными;

идея базируется на обобщении данных, полученных отечественными и зарубежными учеными о возможности идентификации возбудителей особо опасных микозов с использованием молекулярно-генетических методов;

использованы авторские данные и данные, полученные ранее по рассматриваемой тематике;

установлено качественное совпадение авторских результатов с результатами, представленными в независимых источниках по данной тематике;

использованы современные методики сбора и обработки исходной информации.

Личный вклад соискателя состоит в том, что исследование выполнено автором самостоятельно на всех этапах его проведения, соискатель принимал непосредственное участие в получении исходных данных, их обработке, интерпретации и апробации, а также в подготовке основных публикаций по выполненной работе. Диссертация охватывает основные вопросы поставленной научной задачи и соответствует критерию внутреннего единства, что подтверждается наличием последовательного плана исследования, основной идейной линии и взаимосвязи выводов.

Диссертационный совет пришел к выводу о том, что диссертация Маркина А.М. представляет собой законченную, научно-квалификационную работу, в которой содержится решение актуальной научной задачи – совершенствование идентификации особо опасных микозов, что имеет существенное значение для микробиологии.

На заседании 14 июня 2016 года диссертационный совет принял решение присудить Маркину Александру Михайловичу ученую степень кандидата медицинских наук.

При проведении тайного голосования диссертационный совет в количестве 18 человек, из них 6 докторов наук по специальности 03.02.03 – Микробиология, участвовавших в заседании, из 23 человек, входящих в состав совета, проголосовали: за присуждение ученой степени - 18, против присуждения ученой степени - нет, недействительных бюллетеней - нет.

Председатель диссертационного совета Клаучек Сергей Всеволодович
Ученый секретарь диссертационного совета Ковалева Марина Дмитриевна 

14 июня 2016 года.