Вход в систему 
Информация о диссертации
- Кандидатская диссертация
- Шаров Тимур Николаевич
- «Разработка алгоритмов экспресс-идентификации и белкового профилирования Coccidioides spp. с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии»
- 03.02.03 - Микробиология
- медицинские науки
- 21.2.005.06
- Волгоградский государственный медицинский университет
- 400131, Волгоград, пл.Павших Борцов, 1 ВолгГМУ
- Предполагаемая дата защиты диссертации: 5 сентября 2017 года
- [Полный текст диссертации (2.3 Мбайт)] (Опубликован: 9 февраля 2017 года)
- [Автореферат диссертации (1.2 Мбайт)]
- Дата публикации объявления 12 июня 2017 года
Отзывы на диссертацию *
- Научный руководитель
- Викторов Дмитрий Викторович, заместитель директора по научно-экспериментальной работе ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, д.б.н., доцент
- Скачать отзыв (3.1 Мбайт)
- Опубликован: 10 февраля 2017 года
- Официальный оппонент
- Монахова Е.В., ведущий научный сотрудник ФКУЗ Ростовский-на-Дону противочумный институт Роспотребнадзора, д.б.н, старший научный сотрудник
- Скачать отзыв (495 кбайт)
- Опубликован: 22 августа 2017 года
- Официальный оппонент
- Решетникова И.Д., к.м.н., заместитель директора по научной и лечебной работе ФБУН Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии
- Скачать отзыв (1.6 Мбайт)
- Опубликован: 25 августа 2017 года
- Ведущая организация
- Тюменцева И.С.,главный научный сотрудник научно-производственной лаборатории препаратов для диагностики особо опасных и других инфекций ФКУЗ Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора, д.м.н., профессор
- Скачать отзыв (638 кбайт)
- Опубликован: 25 августа 2017 года
- Отзыв на автореферат
- Тимошин В.Б., заведующий бактериологической лабораторией ФКУз Северо-Западная противочумная станция Роспотребнадзора, к.м.н.
- Скачать отзыв (918 кбайт)
- Опубликован: 22 августа 2017 года
- Отзыв на автореферат
- Гришина М.А.,заведующий лабораторией иммунологии ФГУП НИИ ГТП ФМБА России, к.м.н., доцент
- Скачать отзыв (2.7 Мбайт)
- Опубликован: 4 сентября 2017 года
- Отзыв на автореферат
- Ерошенко Г.А., д.б.н.,старший научный сотрудник ФКУЗ Российский научно-исследовательский противочумный институт Микроб Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, лаборатория молекулярной микробиологии
- Скачать отзыв (1.3 Мбайт)
- Опубликован: 4 сентября 2017 года
Решения диссертационного совета
ВЫПИСКА из протокола № 1 заседания Диссертационного совета Д 208.008.06 ФГБОУ ВО «Волгоградский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения РФ от 9 июня 2017 года
Присутствовало: 18 членов Диссертационного Совета из 23, утвержденных ВАК РФ в составе Совета.
Слушали: заключение членов комиссии доктора медицинских наук профессора Замарева В.С., доктора медицинских наук, профессора Яковлева А.Т., доктора медицинских наук, профессора Сливину Л.П., по рассмотрению диссертации Шарова Тимура Николаевича на тему: «Разработка алгоритмов экспресс-идентификации и белкового профилирования Coccidioides spp. с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии», представленной на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология (заключение прилагается).
Постановили:
1.Принять к защите диссертацию Шарова Тимура Николаевича на тему: «Разработка алгоритмов экспресс-идентификации и белкового профилирования Coccidioides spp. с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии», представленную на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 – Микробиология
2.Утвердить в качестве официальных оппонентов:
- доктора биологических наук, ведущего научного сотрудника лаборатории микробиологии холеры ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора Монахову Елену Владимировну, г.Ростов-на-Дону.
- кандидата медицинских наук, заместителя директора по научной и лечебной работе ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Решетникову Ирину Дмитриевну, г.Казань.
3.Утвердить в качестве ведущей организации «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, г.Ставрополь.
4.Разрешить печатание и рассылку автореферата диссертационной работы.
5.Утвердить дату защиты 5 сентября 2017 года.
Председатель диссертационного совета, д.м.н., профессор Клаучек С.В.
Ученый секретарь диссертационного совета, д.с.н., профессор Ковалёва М.Д.
Протокол № 2 заседания диссертационного совета Д 208.008.06 от 05.09.2017
Состав диссертационного совета утвержден в количестве 23 человек. Присутствовали на заседании 18 человек.
Председатель: д. Клаучек Сергей Всеволодович
Присутствовали: д. Гавриков Леонид Константинович, д. Губанова Екатерина Ивановна, д. Клаучек Валентина Васильевна, д. Замараев Валерий Семенович, д. Давыденко Людмила Александровна, д. Ковалева Марина Дмитриевна, д. Липницкий Анатолий Васильевич, д. Крамарь Олег Григорьевич, д. Латышевская Наталья Ивановна, д. Филатов Борис Николаевич, д. Попов Александр Сергеевич, д. мед.наук, профессор Сливина Людмила Петровна, д. биол.наук, профессор Солопов Игорь Николаевич, д. Храпова Наталья Петровна, д. Яковлев Анатолий Трофимович, д. Клаучек Сергей Всеволодович, д.Краюшкин Сергей Иванович
Официальные оппоненты по диссертации: д. б.н. Монахова Е.В., к.м.н. Решетникова И.Д.
Ведущая организация: ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора.
Слушали: Председателя диссертационного совета Д 208.008.06 Клаучека С.В., председателя счетной комиссии Гаврикова Л.К.
Постановили: диссертация Шарова Т.Н. является законченной научно-квалификационной работой, что соответствует критериям, установленным п.9 «Положения о порядке присуждения ученых степеней...». Присудить Шарову Т.Н. ученую степень кандидата медицинских наук по специальности 03.02.03 Микробиология.
Результаты голосования: «за» - 18, «против» - 0, «недействительных» - 0.
Председатель совета Клаучек Сергей Всеволодович
Ученый секретарь совета Ковалева Марина Дмитриевна
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ДИССЕРТАЦИОННОГО СОВЕТА Д 208.008.06
на базе Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России по диссертации на соискание учёной степени кандидата наук
аттестационное дело № ________ решение диссертационного совета от 5.09.2017 года, протокол № 2
О присуждении Шарову Тимуру Николаевичу, гражданину Российской Федерации, ученой степени кандидата медицинских наук.
Диссертация «Разработка алгоритмов экспресс-идентификации и белкового профилирования Coccidioides spp. с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии» по специальности 03.02.03 – Микробиология, принята к защите 19.06.2017 года, протокол № 1 диссертационным советом Д 208.008.06 на базе Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования (ФГБОУ ВО) «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России, 400131, г. Волгоград, пл. Павших борцов, 1, (Приказ № 1925-1358 от 9 сентября 2009 г., с изменениями состава совета от 22.10.2010 года, № 2472-984/591, действующий на период действия номенклатуры специальностей научных работников).
Соискатель Шаров Тимур Николаевич 1987 года рождения. В 2010 г. окончил ГБОУ ВПО «Волгоградский государственный медицинский университет» Минздрава России,, медико-биологический факультет, по специальности «Медицинская биохимия»
Работает научным сотрудником лаборатории особо опасных микозов Федерального казённого учреждения здравоохранения (ФКУЗ) «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора с сентября 2011 года и по настоящее время.
Диссертация выполнена в ФКУЗ «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора.
Научный руководитель: д.б.н., доцент Викторов Дмитрий Викторович, заместитель директора по научной и экспериментальной работе Федерального казённого учреждения здравоохранения «Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора.
Официальные оппоненты: 1. Монахова Елена Владимировна, доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории микробиологии холеры ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора;
- Решетникова Ирина Дмитриевна, кандидат медицинских наук, заместитель директора по научной и лечебной работе Федерального бюджетного учреждения науки (ФБУН) «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека;
- дали положительные отзывы на диссертацию.
Ведущая организация: ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, г. Ставрополь, в своём положительном заключении, подписанном главным научным сотрудником научно-производственной лаборатории препаратов для диагностики особо опасных и других инфекций, доктором медицинских наук, профессором Тюменцевой Ириной Степановной, заведующим лаборатории постгеномных технологий и кандидатом биологических наук Котеневой Еленой Анатольевной, указали, что диссертация Шарова Т.Н. является законченной научно-квалификационной работой, в которой на современном уровне решена актуальная научная задача - разработки усовершенствованного алгоритма идентификации и белкового профилирования возбудителей кокцидиоидомикоза с применением MALDI-TOF масс-спектрометрического анализа, что имеет существенное значение для микробиологии и соответствует требованиям п. 9 «Положение о порядке присуждения ученых степеней…..»
Соискатель имеет 16 опубликованных работ, в том числе по теме диссертации - 8 работ, опубликованных в рецензируемых научных изданиях, рекомендованных ВАК РФ - 4. Общий объем публикаций составляет 0,8 печатного листа.
Наиболее значительные научные работы:
- Шаров Т.Н. Сравнительная характеристика методов типирования микроскопических грибов (обзор) / Т.Н. Шаров, М.А. Гришина, Г.А. Ткаченко, И.М. Шпак // Проблемы медицинской микологии. - 2012. Т. 14, № 2. - С. 18-24. (журнал из перечня ВАК).
- Шаров Т.Н. Сравнительная характеристика методов типирования микроскопических грибов (обзор) / Т.Н. Шаров, М.А. Гришина, Г.А. Ткаченко, И.М. Шпак // Проблемы медицинской микологии. - 2012. Т. 14, № 2. - С. 18-24. (журнал из перечня ВАК).
- Липницкий А.В. Современные представления об иммунитете при кокцидиоидомикозе / А.В. Липницкий, М.А. Гришина, Т.Н Шаров. // Инфекционные болезни - 2013.- Т. 11, № 2.- С. 64-68. (журнал из перечня ВАК)
Работы посвящены особенностям пробоподготовки и идентификации возбудителей кокцидиоидомикоза с помощью времяпролетной масс-спектрометрии с матрично-активированной лазерной десорбцией/ионизацией.
На диссертацию и автореферат поступили отзывы от: Заведующего бактериологической лабораторией ФКУЗ «Северо-Западная противочумная станция» Роспотребнадзора, к.м.н. Тимошина В.Б.; г.н.с. лаборатории молекулярной микробиологии ФКУЗ Российского научно-исследовательского противочумного института «Микроб», д.б.н. Ерошенко Г.А.; заведующего лабораторией иммунологии, Федерального государственного унитарного предприятия «Научно-исследовательский институт гигиены, токсикологии и профпатологии» к.м.н, доцента Гришиной М.А.
Все отзывы положительные, подтверждают актуальность представленной работы, обоснованность полученных выводов, практическую и научно-теоретическую значимость результатов исследования. Критических замечаний в отзывах не содержится.
Выбор официальных оппонентов и ведущей организации обосновывается тем, что д.б.н., Монахова Е.А. и к.м.н. Решетникова И.Д. являются компетентными учеными, экспертами в области микробиологии особо опасных бактериальных инфекций, что подтверждается, в том числе, публикациями в научных рецензируемых журналах. Выбор ведущей организации обосновывается тем, что ФКУЗ «Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора, г. Ставрополь является одним из ведущих научно-методических центров страны по вопросам микробиологии патогенных микроорганизмов, способным определить научную и практическую ценность данной работы. Сотрудниками центра за последние 5 лет был опубликован ряд работ в научно-рецензируемых журналах, связанных с предметной областью диссертации соискателя.
Заключение
Диссертационный совет отмечает, что на основании выполненных соискателем исследований:
разработана новая научная идея, заключающаяся в возможности ускоренной и точной видовой идентификации культур микромицетов, подозрительных на принадлежность к возбудителям кокцидиоидомикоза, на основе масс-спектрометрического профилирования их клеточных белков;
предложены методические приемы и аналитические алгоритмы, обеспечивающие безопасное и эффективное применение современного аналитического метода MALDI-TOF масс-спектрометрии в схеме лабораторной диагностики кокцидиоидомикоза;
Теоретическая значимость исследования обоснована тем, что:
доказаны положения об оптимальных условиях культивирования и технологической схеме подготовки клеток микромицетов рода Coccidioides для проведения масс-спектрометрического анализа, наиболее информативных для проведения видовой идентификации диапазонах клеточных масс-спектров, эффективности разработанной базы референтных масс-спектров для идентификации возбудителей особо опасных микозов методом MALDI-TOF MS;
применительно к проблематике диссертации результативно использован комплексный подход к оценке внутривидовой вариабельности патогенов, включающий анализ спектров биохимической активности и MALDI-TOF масс-спектрометрическое профилирование консервативных клеточных белков у штаммов различного происхождения и исследование стабильности масс-спектральных характеристик клеток возбудителя в различных условиях культивирования;
изложены наиболее эффективные и безопасные для исследователя технологические приемы подготовки культур возбудителя к анализу методов MALDI-TOF MS, а также аналитические алгоритмы, оптимальные для обработки, интерпретации и сравнительного анализа клеточных масс-спектров микромицетов;
раскрыты схемы корректной видовой идентификации штаммов возбудителей кокцидиоидомикоза на основе выбора стабильных масс-спектральных сигналов консервативных клеточных белков;
изучены закономерности и характер изменчивости маркерных дифференцирующих областей общеклеточных масс-спектров у штаммов микромицетов из различных эндемических регионов мира, а также в различных условиях культивирования, что позволяет определить оптимальный алгоритм ускоренного определения видовой принадлежности изолятов микроскопических грибов рода Coccidioides.
Значение полученных соискателем результатов исследования для практики подтверждается тем, что:
определены перспективы практического использования положений диссертации в исследовательской, диагностической и образовательной деятельности волгоградского научно-исследовательского противочумного института и Референс-центра по мониторингу за возбудителями особо опасных микозов. Полученные новые приоритетные данные об оптимальных режимах пробоподготовки для масс-спектрометрического анализа и референтных масс-спектрах микромицетов рода Coccidioides оптимизируют схему лабораторной диагностики кокцидиоидомикоза и обозначают в ней место современной диагностической технологии на базе времяпролетной масс-спектрометрии;
разработан и внедрен в практику работы Референс-центра по мониторингу за возбудителями особо опасных микозов на базе Волгоградского НИПЧИ комплекс технологических приемов использования метода MALDI-TOF анализа для идентификации и внутривидового типирования штаммов возбудителей кокцидиоидомикоза;
создана система практических рекомендаций по идентификации и внутривидому типированию штаммов возбудителей микромицетов с использованием систем микробиологического анализа, учтенная при разработке зарегистрированной базы данных масс-спектров микроорганизмов I-II групп патогенности, проектов нормативно-методических документов федерального уровня и внедренных учрежденческих инструктивно-методических документов, касающихся областей применения метода MALDI-TOF MS в лабораторной диагностике опасных инфекционных болезней.
Оценка достоверности результатов исследования выявила, что полученные автором основные экспериментальные результаты получены на сертифицированном аналитическом оборудовании;
теория построена на проверяемых фактах и согласуется с современными представлениями и опубликованными данными исследований по теме диссертации;
идея исследования базируется на анализе отечественного и зарубежного практического опыта, показавшем недостаточность проработанности вопроса об эффективности использования масс-спектрометрического анализа для определения видовой принадлежности изолятов возбудителей кокцидиоидомикоза;
использованы зарегистрированные диагностические наборы;
доказана воспроизводимость результатов исследования, выявленные закономерности подтверждены с использованием методов статистического анализа;
установлено качественное совпадение авторских результатов с результатами, представленными в независимых источниках по данной тематике.
Личный вклад соискателя состоит в том, что исследование выполнено автором самостоятельно на всех этапах его проведения, соискатель принимал непосредственное участие в получении исходных данных, их обработке, интерпретации и апробации, а также в подготовке основных публикаций по выполненной работе. Диссертация охватывает основные вопросы поставленной научной задачи и соответствует критерию внутреннего единства, что подтверждается наличием последовательного плана исследования, непротиворечивой методологической базы, основной идейной линии и взаимосвязи выводов.
Диссертационный совет пришёл к выводу о том, что диссертация представляет собой научно-квалификационную работу, содержащую решение актуальной научной задачи – разработки алгоритмов экспресс-идентификации и белкового профилирования Coccidioides spp. с использованием MALDI-TOF масс-спектрометрии, что имеет существенное значение для микробиологии.
На заседании 5 сентября 2017 года диссертационный совет принял решение присудить Шарову Тимуру Николаевичу ученую степень кандидата медицинских наук.
При проведении тайного голосования диссертационный совет в количестве 18 человек, из них 5 докторов наук по специальности 03.02.03 – Микробиология, участвовавших в заседании, из 23 человек, входящих в состав совета, проголосовали: за присуждение учёной степени - 18, против присуждения учёной степени - нет, недействительных бюллетеней - нет.
Председатель диссертационного совета Клаучек Сергей Всеволодович
Ученый секретарь диссертационного совета Ковалева Марина Дмитриевна
5 сентября 2017 года.